La estructura de FUNIBER hace uso del nuevo paradigma de las Tecnologías de la Información en cuanto a su morfología, flexibilidad de la organización y simbiosis de los sectores privados y público.
FUNIBER se asocia, en cada país, a una o más Universidades que comparten su misma misión y visión. Ellas redactan los contenidos e imparten los Cursos. En consecuencia, los alumnos no son alumnos de FUNIBER, sino de la Universidad correspondiente, pudiendo en la mayoría de pasos obtener también el Diploma de las otras Universidades participantes en el Programa Académico.
El Consejo Rector es el responsable de la planificación, nivel de calidad, orientación, desarrollo y supervisión de las actividades académicas desarrolladas por FUNIBER. Está constituido por autoridades académicas, así como por profesionales de alta cualificación y experiencia.
El Consejo Académico es el órgano de seguimiento y ejecución de la actividad académica de la Fundación. Está formado por los directores de país y los directores de las áreas de formación de FUNIBER. Cuenta con asesores que son profesores universitarios o expertos profesionales de reconocido prestigio en los diferentes campos de actividad de FUNIBER.
Debe destacarse en cada área de conocimiento el Director de Área, que asume la coordinación y gestión global de todos los recursos educativos, tanto humanos como tecnológicos para garantizar la actualización, ejecución y calidad de los programas académicos.
En cada país, FUNIBER tiene un Director de País, que asume la representación de la Fundación y se identifica con el entorno nacional.